Konstrukcija karoserije vozila Citroën C6 postavlja najviše standarde na području zaštite putnika (5 zvjezdica na EuroNCAP testovima):
- s dva ublaživača udara sprijeda koji raspršuju energiju koja se oslobađa u slučaju udarca i štiti "zaštitnu komoru za putnike";
- velika torziona krutost za veću zaštitu u slučaju udarca sprijeda pri velikoj brzini.

S aktivnim sustavom poklopca motora, Citroën C6 postavlja standarde na području zaštite putnika (najveći broj zvjezdica u toj kategoriji na EuroNCAP testiranjima)
- u slučaju udarca, pirotehnički pokretač podiže poklopac motora za 65 mm u 40 ms;
- djeluje kao ublaživač udara za smanjenje posljedica po pješake u slučaju sudara;
- sprječava da glava i ramena pješaka dotaknu motor.

Ksenon svjetla osiguravaju izvanrednu vidljivost noću ili u lošim vremenskim uvjetima, a kako bi se osigurava viša razina sigurnosti:
- bijeli svjetlosni snop čini vožnju noću manje zamornom;
- farovi prate kut zakretanja automobila kako biste ranije mogli vidjeti cestu ispred vas;
- dvostruko jača osvijetljenost od halogenih svjetala;
- dolaze u kombinaciji s dnevnim svjetlima da bi vas drugi bolje vidjeli.

Citroën C6 postavlja najviše standarde na području zaštite putnika sa svojih devet zračnih jastuka:
- dva prednja zračna jastuka čija silina i volumen prilikom otvaranja variraju ovisno o silini udarca;
- zračni jastuk za koljena za zaštitu nogu vozača;
- četiri bočna zračna jastuka koja štite prsni koš i trbuh putnika;
- dva zračna jastuka zavjese za zaštitu glava putnika sprijeda i straga.

Citroën C6 ima aktivne naslone za glavu sprijeda. U slučaju udarca straga oni se pomiču prema naprijed kako bi zaštitili vrat putnika i na taj način spriječili trzajne ozljede vrata.

Citroën C6 ima inovativni i kompleksni sustav kočenja:
- četiri ventilirajuća kočiona diska velikog promjera;
- ABS (sustav protiv blokiranja kotača) koji elektronički podešava tlak kočenja kako bi spriječio blokiranje kotača;
- Elektronički razdjelnik sile kočenja (REF) koji ravnomjerno raspodjeljuje silu kočenja na sve kotače;
- Sustav za pomoć pri naglom kočenju (AFU) koji odmah pojačava silu kočenja kada vozač naglo pritisne papučicu kočnice.

ESP (Elektronički sustav za nadzor stabilnosti vozila) pomaže vozaču da zadrži kontrolu nad vozilom i u najtežim situacijama:
- djeluje na raspodjelu sile kočenja i broj okretaja motora kako bi zadržao automobil na zadanoj putanji u slučaju gubitka prianjanja na tlo u zavojima;
- dolazi u kombinaciji sa sustavom protiv proklizavanja (ASR) koji odmah koči pogonske kotače u slučaju proklizavanja.

Sustav za upozorenje pri prelaženju crte (AFIL) pomaže pri sprječavanju spavanja za upravljačem. Dok je ova funkcija uključena, senzori na prednjem kraju vozila očitavaju svaku neželjenu promjenu prometnog traka. Sustav u takvom slučaju uključuje zvučno upozorenje bip i vibraciju sjedala vozača.

Služba za pomoć, Citroën Urgence, dostupna 24 sata dnevno, 7 dana u tjednu, pomaže hitnim službama da uštede vrijeme brzim lociranjem vašeg vozila. Uključuje se automatski, ili ručno putem NaviDrive sustava, u slučaju nezgode ili kada vozač ne može nastaviti vožnju. Osigurava pristup pozivnim službama.